扎古 吉翁公国在其第一种实用型机动战士扎古I（MS-05）于一年战争中投入使用后，在初期的战斗中取得了很大成果。然而由于MS-05在机动性和装甲防护方面的显著弱点，设计者早在一年战争爆发前就开始研发性能更为优越的机动战士。在充分吸收MS-05现有技术的基础上，以MS-06为编号的新型机体的开发计划顺利进行，计划于0078年1月进入生产。MS-06的基本开发思想是“广泛多用途型机动战士”和“区域战用机动战士”。这决定了它的高度泛用性的特点，从而使之成为一年战争中最成功的量产型MS。